目前，深化农村股份制改革已到了深水区，由于没有现成的制度规范和模式，加上相关法律法规的不完善，仍然面临着许多矛盾和问题，存在诸多制约因素。近期，北仑区人大常委会就此开展专题调研，发现该项工作主要存在以下问题：
　　一、赋予股东权能难度大。一是产权不完整。该区实行的股份合作制改革，是把集体经营性净资产折股量化给股东，实行按股分红的财产制度，量化资产的所有权和使用权依然属于集体所有，股权只是作为股东获得资产收益的依据及在集体资产中所占的份额，是一种不完整产权。二是股值难确定。折股量化的资产，是以股改时账面的经营性净资产原值为基数，随着集体经济经营状况的好坏、资产的增值、资产资源的变现而变化，每股股权的价格难以确定。三是股权缺乏流动性。该区股份制改革，从股东资格确认、股权设置、股权管理、股金分配，都严格限制在社的范围内，社之外的个人和法人资本无法进入，社内股权也不能流出，股权缺乏应有的流动性。所以，要赋予股东对集体资产股份转让、担保、质押、退出等权能的难度较大。
　　二、村干部压力大。一是来自分红的压力，股份分红原本是一件好事，老百姓可以享受到集体经济带来的实惠，但当老百姓形成习惯后，分红意识会不断强化乃至膨胀，认为实行股份制就要分红，所以不管社里收入如何，分红要年年有，而且年年要增加，无形中增加了村干部的压力。二是来自集体经济的压力，一方面该区农村集体经济以资源、资产租赁收入，利息收入和发展留用地指标货币补偿收入为主，集体经济收入虽稳定无风险，但发展潜力小、后劲不足。另一方面村级负担越来越重，村级建设投入和管理支出不断增多，经常性支出呈刚性增长。三是来自自身的压力，个别村干部自己要面子，特别是刚当选的一些干部，在选举的时候为了“凝聚”人气拉选票有过承诺；有的则为了面子搞攀比。所以这些村干部不管社里的经济收入如何，想方设法来兑现他们的诺言。
　　三、实施终止障碍多。股份经济合作社终止是一种探索，也是一种尝试，具体实施仍然存在障碍。一是法律法规缺位。《浙江省村经济合作组织条例》虽然明确了股份经济合作社实行终止的可行性，但缺乏可操作性。二是思想上存在畏难情绪。目前主要存在三个怕：一怕与国家发展集体经济政策相左。二怕社会不稳定因素变多。三怕“农转非”后，丧失农业户的优惠政策。三是剩余土地处置难。剩余土地问题主要涉及两个方面：一方面集体耕地和林地的处置问题。目前村内仍然留有少量耕地和林地。实施终止后，这些耕地和林地能不能征用为国有，如征用，需要大量政府财政资金的投入；如不征用，涉及到主体资格问题。另一方面发展留用地指标买断问题。由于发展留用地指标变现价值的可变因素较多，村民往往存在买断的价格短期内变化的担心，害怕终止越早越吃亏。