一是宗教场所存在安全隐患，但新建、翻建难。通过对宗教场所的调查了解，发现不少场所存在安全隐患，特别是基督教场所，大多是上世纪90年代以前建造，木质结构居多，很多房屋经鉴定构成危房或有危险隐患存在，一旦出现安全问题，造成人员伤亡，将产生严重的社会影响，后果不堪设想。同时，由于各种遗留问题，很多宗教场所建设前未办全相关手续，建设过程缺失监管，在补办手续时涉及建设规划、用地指标等问题，若要新建、翻（扩）建等难度非常大。
　　二是基督教专职传道人缺乏，因无相关政策支持，人才引进难。北仑区现有基督教专职传道人员18名，其中按立为牧师的1名、长老2名、教师8名，远远满足不了各教会正常运作的需要。同时，教职人员的整体素质离“政治上靠得住，学识上有造诣，品德上能服众，关键时用得上”的要求和标准也还有一定差距，而教职人才的短缺是引发教会自身矛盾并演变为社会问题的主要根源之一。
　　三是未经批准的活动场所发展较快，监管难。经调查，北仑区现有207处民间信仰场所，其中32处住有游僧，16处场所的资金被个人或部分人掌控，这些场所管理上存在漏洞，很容易带来不稳定因素。同时，基督教、天主教、境外基督教和私设聚会点规模逐渐扩大，信徒越来越多，容易被部分人控制，借教敛财；有的甚至可能被非法势力利用和受境外势力渗透。近年来，网络渗透来势迅猛，管理缺乏人员和办法。
　　四是宗教团体经费不足，运作难。近年来，随着信教群众人数的不断增加，场所的增多，新的问题和矛盾也在不断增加,民族宗教团体做了大量维护社会稳定的工作。但宗教团体的运作资金主要来源于各场所缴纳的会费以及行政拨付的工作经费，数额有限，难以维计。