一是处罚标准不统一。对于同样的违法内容，法律位阶是同一的，但对于同一内容的处罚标准却是严重的不统一，这就给执法部门带来困难。首先由于惩罚数额不同，给各个执法部门造成执法冲突。遇到罚没的时候，究竟以哪个法为准，没有人能说得清楚，特别是对相关企业的当事人，可以用此法对抗彼法，这就给法院的裁判带来困难。再加上相关行政部门都有独立执法权，那么假设质量监督部门对假冒伪劣企业行为作了罚款处理，工商部门和食品卫生部门也单独作罚款处理，依据的是同一条款，这样对同一违法行为势必造成重复处罚的窘境。
　　二是受害人的举证难的问题。在食品安全事故发生后，受害人面临的第一个问题就是举证难和起诉难的问题。其症结是我们的立法思维还处于原始理念上，没有关注现实生活中出现的食品危险的重要性。若我国在立法上将食品安全纳入危险责任体系，则轻而易举的解决了举证难的问题。最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干问题规定》规定了举证倒置，但遗憾的是，因我国实体法的立法缺陷，导致在法院审理食品安全责任事故中，还采用谁主张，谁举证的原则。特别在当下的审判实践中已经无视证据规则的存在，这样致使受害的当事人、代理律师，在收集证据方面遇到了很大困难。
　　三是食品安全事故的诉讼时效存在问题。我国法律对人身损害赔偿请求权的诉讼时效偏短。该类食品对人体的损害有潜伏期，有些都是隐性的。而关于诉讼时效，《民法通则》规定身体受到伤害、出售质量不合格商品的诉讼时效为1年，该规定是变相剥夺了受害人的人身损害赔偿的诉权。而《产品质量法》规定因产品存在缺陷造成损害要求赔偿的诉讼时效期间为2年，自当事人知道或应当知道时起计算。因产品存在缺陷造成损害赔偿的请求权，在造成损害缺陷产品交付最初消费者满10年丧失；但是尚未超过明示的安全使用期的除外。这条立法对受害人的请求时效作了相应延长，与民法通则存在冲突。但根据特别法优于普通法之原则，优先适用产品质量法应无疑义。但须指出是民法通则对诉讼时效制度应作相应的修改。
　　四是对监督执法人员处罚过轻。从近几年发生的食品危险事故可以看出除了政府地方保护主义因素之外，还存在有关行政部门失职渎职、以权谋私、执法腐败、部门牟利等问题。有些行政执法机关是为罚而罚，目的不是惩治而是谋利。此外，由于食品安全法没有对有关行政执法机关不作为行为的危害后果，规定其应当承担的民事赔偿责任而导致相关部门和人员的玩忽职守、不作为等渎职行为的出现。即使是行政责任，食品安全法对行政执法人员渎职行为的处罚也失之过宽。笔者发现通过媒体曝光之后的安全事件，仅有对造假人员和企业负责人如何处理的刑事处罚，却未看到对失职渎职的行政执法人员给予刑事处罚。《食品安全法》规定的都是行政纪律处分，没有刑事处罚的条款。因此，建议修改《食品安全法》第95条之规定，将刑事责任引入其中。