一是缺少股份经济合作社税收政策的配套激励。股份经济合作社大部分收益来源于物业租赁出售收入，应交税费有房产税（12%）、租赁营业税（5%）及水利建设基金、教育费附加、城市维护建设税等，税率合计约为经营收入的17.65%，将来还要征收企业所得税和股东个人分红所得税。而村股份经济合作不是纯粹的市场经济实体，承担着相应公共管理服务职能，按照纯市场主体征税不尽合理。

　　二是村级公共管理资金支撑削弱。以镇海为例，2014年、2015年平均每村每年需承担基本管理公共服务经费达120-150余万元（部分依赖上级财政转移支付），并呈逐年增长态势，而改革后积累和分配矛盾显现。股改后，股民要求分红的愿望（甚至分光的想法）与日俱增，重分配，轻积累，分红攀比苗头将会显现，势必影响村内公共设施和公益事业建设及农村社会管理等方面的投入和提升。

　　三是股权权能发挥缺乏有效平台。农村股改后目前农民手里的股权主要作为集体利益中所拥有份额和分配的依据，尚缺少健全的流转、抵押、担保、交易等机制，导致股权难以发挥权能，变死权为活权，实现完整的权益价值。同时，因历史和政策原因，大部分村未对集体物业资产做好土地证和房产证等完全产权手续，影响了资产管理、经营和交易变现。